在知网进行硕士论文检测时，常见问题包括系统误判、相似度高导致误判、引用标注不规范等。系统误判可能由于算法不完善或文献匹配不准确造成，相似度高误判则可能是因为文献来源广泛或研究热点重合。引用标注不规范也是一个常见问题，容易导致检测结果不准确。针对这些问题，建议加强系统优化、规范引用标注，以减少误判情况。

另外，硕士论文检测误判处理还可能涉及到论文结构不清晰、文献引用错误等问题。论文结构不清晰可能导致检测系统无法准确识别重复内容，而文献引用错误则会使相似度分析产生误差。为避免这些问题，作者应该注意论文写作规范，清晰表达观点，正确引用文献，提高论文质量，减少误判可能性。